• 建立 R 的使用環境
• 熟悉 R 語言基礎操作
  • 敘述句、數列
  • 查詢說明檔
• 了解 R 語言的物件的結構
  • 變數型態：logical、numeric、character、factor
  • 資料存放容器：list、data.frame

• R 語言的流程控制
  • if、else
  • for loop
  • 自訂 function
• R 語言的資料整理
  • 讀檔
  • dplyr
• R 語言的資料爬析概念

• 資料視覺化（ggplot2）
  • 基本語法
  • 各式圖形畫法
  • 參數調整

• 資料採集
• 資料清洗處理
• 統計及分析
• 視覺呈現

• 報告產出

• 啟發自2004年純文字電子郵件
• 好寫、好讀
• 可以純文字發布
• Markdown
  • Light weight markup language
  • Remove HTML tag for higher readibility.
  • Inline HTML is avaliable.
  • HTML5 Introduction (w3schools.com)

• 可以在 Markdown 內嵌 R code
• 一次呈現執行程式碼後的結果及文字說明
• 不用再把圖、表複製到其他文件編輯器中
• Rmd -> md -> html (docx, pdf)

• 時間久了會忘記code的意思
• 要寫說明文件給同學、同事、教授、主管
• 教授很有想法，想嘗試新方法
  (FK！又要重跑一份)
• 老闆說要改流程
  (MD!之前貼到簡報上的圖又要重貼一份)
• 專案報告要呈現，code改了，但是文件無法同時修改！
  

• 製作reproducible的報告、投影片
• 想寫數學式子好展現自己的專業 \(e=mc^2\)
• 只有一份source code，不需要額外複製圖片到報告中
• 需求更改時，可以動態改變報告內容
• 增加資料分析演算法的可讀性
• IDE? RStudio提供支援

• 最新版的RStudio已經包含R Markdown功能
• 你也可以透過以下指令安裝R Markdown套件：

install.packages("rmarkdown")

• 利用 `r` 在markdown中插入R程式
• 插入 LaTeX 公式的方法：
  • 行內$ equation $
    
  • 段落 $$ equation $$
• for example :
  • 這是DSP推出的第 4 門課程
  • 熵指標的公式為\(-\sum{p_i \log{p_i}}\) ，表示系統的亂度

• RStudio: "Knit" command (Ctrl+Shift+K)
• Command line: rmarkdown::render function

rmarkdown::render("input.Rmd")

Headers

• 字體大小：使用井字號
  • # Header 1
  • ## Header 2
  • ### Header 3
  • #### Header 4
  • ##### Header 5
  • ###### Header 6

• 粗體：使用**bold** 或 __bold__
• 斜體：使用 *italics* 或 _italics_
• 刪除線：使用~~我是豬~~

結果：

我是正常文字
粗體：bold
斜體：italics
刪除線：我是豬

• 利用+、*、-，列點文字
• 嵌入圖片： image: ![](path/to/smallorb.png)
• 嵌入連結：[木下柚香](https://www.youtube.com/watch?v=ArPaid2Iuck&t=49s)

• 嵌入表格：

     標題一     |    標題二     
  -------------| ------------- 
      123      |    456        
      789      |    0.0        

請大家以下面的文字為樣板，打出一篇簡短的自我介紹：

大家好，我是LIYUN(1.使用粗體)，目前就讀於國立政治大學，家裡共有：

• 我爸
  
• 我媽
  
• 我哥
  
• 我大弟
  
• 我小弟
  (2.請列點)

有六個成員，我是女生，我長這樣： (3.請放照片)

想要和我做朋有的人可以加我臉書(4.請放你的臉書連結)

大家好，我是**LIYUN**(1.使用粗體)，目前就讀於國立政治大學，家裡共有： \

+ 我爸 \
+ 我媽 \
+ 我哥 \
+ 我大弟 \
+ 我小弟 \

有六個成員，我是女生，我長這樣：
![](你的圖片路徑) 

想要和我做朋有的人可以加我[臉書](https://goo.gl/h39Soa)

• 在 R Code Chunk 中，code可以被執行
• code會被{r}及包圍
• 快捷鍵（for windows、mac）：alt + control + i
• 將下列文字複製貼上並Knit：

  ```{r}
  summary(cars$dist)
  ```
  

summary(cars$dist)

   Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
   2.00   26.00   36.00   42.98   56.00  120.00 

```{r plot}
summary(cars)
plot(cars)
```

• echo(TRUE): whether to include R source code in the output file
• eval(TRUE): whether to evaluate the code chunk
• message(TRUE): whether to preserve messages emitted by message()
• include(TRUE): if include=FALSE, nothing will be written into the output document, but the code is still evaluated and plot files are generated
• warning(TRUE): whether to preserve warnings in the output
• comment("##"): set to comment notation

在編輯 RMarkdown 的過程中，想要測試 chunk 中的 code 是否成功，但又不想要每次檢查都 knit，不僅花費太多不必要的時間也浪費系統資源

• 將游標點選在想要測試的 chunk 中任何一個位置
• chunks 選單中，點選 Run Current Chunk
• 快捷鍵：Alt + Ctrl + C

請大家利用 iris 的資料依照不同的品種，畫出 Sepal.Length 及 Petal.Length 的散點圖

iris %>% 
  ggplot(aes(x=Sepal.Length, y=Petal.Length, color=Species)) + 
  geom_point(shape=1, size=2) # shape控制圖示；size控制點的大小

請大家在 Rmarkdown 中產出將剛剛的散點圖

第一個chunk

```{r, echo=TRUE, message=TRUE, warning=TRUE}
library(dplyr)
library(ggplot2)
```

第二個chunk

```{r}
iris %>% 
  ggplot(aes(x=Sepal.Length, y=Petal.Length, color=Species)) + 
  geom_point(shape=1, size=2) 
```

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 原始出處
• 參考範本
• 範例資料

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 計算05/23日當日的最高溫與最低溫度

# Hint：
# 1. 下載weatherbig5.csv到自己的電腦上
# 2. 在R chunk中，利用read.csv()讀取檔案進行分析
  #  MAC : read.csv(,fileEncoding="big5")
# 3. 找出05/23當日最高溫 max()
# 4. 找出05/23當日最低溫 min()
# 5. use inline R chunk `r max(...)` 

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 計算05/23日當日的最高溫與最低溫度

# Hint for Linu& Mac：
dat <- read.csv("data/weatherbig5.csv", fileEncoding="big5") 
max(dat[1:2, 4:5])
min(dat[1:2, 4:5])
# 預測高溫約`r max(dat[1:2,4:5])`度，低溫約`r min(dat[1:2,4:5])`度

# Hint for Windows：
dat <- read.csv("data/weatherbig5.csv") 
max(dat[1:2, 4:5])
min(dat[1:2, 4:5])
# 預測高溫約`r max(dat[1:2,4:5])`度，低溫約`r min(dat[1:2,4:5])`度

• Print data directly:

print(head(women))

  height weight
1     58    115
2     59    117
3     60    120
4     61    123
5     62    126
6     63    129

• 不用手動 key in 表格
• 在 Chunk 後面的參數多加上results='asis'
• 在 Chunk 裡面打上knitr::kable，呈現表格在output上

  ```{r, results='asis'}
    knitr::kable(women)
    ```
    

  

• 安裝 DT 套件，請執行 install.packages("DT")
• 記得 library(DT)
• 易於呈現、美化表格
• DT使用手冊

```{r}
datatable(head(iris))
```

• 可以利用 html 語法修改字體
• 標記特殊欄或列
• 調整欄

datatable(iris) %>%
  formatStyle('Sepal.Length',  color = 'red', backgroundColor = 'orange', fontWeight = 'bold')

• 調整列

datatable(cars) %>% formatStyle( 'dist' ,
  target = 'row',
  backgroundColor = styleEqual(c(10), c('pink'))
)

• 調整表格呈現的列數
• 使用 options = list(pageLength = 數字) 參數調整

# 呈現三列
datatable(iris, options = list(pageLength = 3))
# 呈現五列
datatable(cars, options = list(pageLength = 5)) 

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 製作未來七天天氣預報表

# Hint：
# 你可能需要dplyr套件
# 可以先用filter把白天、晚上分開處理
# 利用 paste(低溫,高溫,sep="-") 來製作溫度區間, i.e. 16-17
# 利用colnames, rownames來對整理好的資料表的行與列命名

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 製作未來七天天氣預報表

day1 <- filter(dat, 早晚=="白天")
day2 <- mutate(day1, 溫度=paste(高溫,低溫,sep="-"))
day3 <- select(day2, 天氣, 溫度)

night1 <- filter(dat, 早晚=="晚上")
night2 <- mutate(night1, 溫度=paste(高溫,低溫,sep="-"))
night3 <- select(night2, 天氣, 溫度)

out <- data.frame(t(bind_cols(day3, night3)))
colnames(out) <- day1$日期
rownames(out) <- c("白天天氣","白天溫度","晚上天氣","晚上溫度")

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 製作未來七天天氣預報表

```{r results='asis', echo=FALSE}
knitr::kable(out)
```

knitr::kable(out)

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 製作未來七天天氣預報圖

# Hint：
# 你可能需要ggplot2套件
# Mac顯示中文需設置字型
# http://equation85.github.io/blog/graph-font-of-r-in-mac-os-x/
# par(family='STHeiti')

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 製作未來七天天氣預報圖

library(ggplot2)
library(tidyr)
dat1 <- mutate(weather, 時間=paste(日期,早晚,sep="\n"))
dat2 <- select(dat1, 時間, 高溫, 低溫)
dat3 <- gather(dat2,variable,value,2:3)

ggplot(dat3, aes(x=時間, y=value, group=variable, colour=variable)) + 
  geom_line() + 
  labs(x="時間", y="溫度") +
  theme_gray(base_family="STHeiti") # 顯示中文字 Mac user only

利用R Markdown 製作《一周天氣預報》書面報告。

• 原始出處
• 參考範本
• 範例資料
• 參考解答

• Rmarkdown 有提供目錄的功能
• 文件長時方便尋找

• 將以下複製貼上到Rmarkdown的開頭
• theme: united表示目錄的主題選擇為united，可以變動

---
title: "你Rmarkdown的名稱"
author: "名字"
date: "2017/5/20"
output:
  html_document:
    theme: united
    toc : true
    toc_float: true
---

• 目錄的長寬可以變動
• 透過fig_width以及fig_height: 7.5參數調整
• toc_depth表示顯示到多大的標題
  • ex:toc_depth: 4會顯示有少於或等於四個井字號####的標題

---
title: "你Rmarkdown的名稱"
author: "名字"
date: "2017/5/20"
output:
  html_document:
    theme: united
    fig_width: 10
    fig_height: 7.5
    toc : true
    toc_depth: 4
    toc_float: true
---

• 可以透過點選的方式選則整個 RMD 的主題
• 改變項目包含目錄、顏色、字體
• 設定小圖示 -> Output Options…

---
title: "Introduction to R Markdown"
author: "Lin"
date: "2016-06-30"
output: html_document
---

```{r results='asis', echo=FALSE}
library(whisker)
temp = '<span class="{{color}}{{number}}">{{color}}{{number}}</span>'
numbers = c("", "2", "3")
colors = c("red", "blue", "green", "yellow", "gray")
for (color in colors){
    cat("- ")
    for (number in numbers){
        out = whisker.render(temp)
        cat(out)
    }
    cat("\n")
}
```

• 連結網站

• iframe: displaying a web page within a web page

  <iframe src="https://dsp.im/" height=600 width=800></iframe>

• 貼上照片

• img: inserting images into an HTML document.

  Much easier for adjusting width and height.

  <img  src="img/me.png" height="100" width="500">

  

• Rmarkdown 除了可以輸出 HTML 文件外，可以生成投影片

It’s possible to embed a Shiny application within a document.

Using R packages::slidify to publish your slides to the web

library(slidify)
publish_github("repo", username="user_name")
publish_rpubs("title","file_name.html")
publish_dropbox(dir_name)
publish_gist("title",file="file_name.html",publish=TRUE)

1. sign up or login in Github.com at browser
2. find button: New repository to add new one.
3. select a name for repository, then created.
4. the link of your new repository would be like:
   https://github.com/"your_name"/"repo_name".git
5. find Settings in your profile at top-right corner
6. select SSH Keys and add SSH Key
7. upload your SSH key which created by your own PC/notebook.
8. at RStudio, using Rcommand:
   slidify::publish_github("repo_name", username="your_name")
9. your new page will be ready in 5~10 min and link:
   https://"your_name".github.io/"repo_name"/index.html

• An Introduction to R Markdown* by Mansun Kuo @ DSC2014
• R Markdown Cheat Sheet
• R Markdown
• knitr
• RStudio Documentation
• Reproducible Research
• Shiny Articles
• Publish to Github Pages/Dropbox/Rpubs

Slidify簡介 by Wush Wu
https://www.youtube.com/watch?v=P97udK2ktuY

20121203 MLDM Monday:markdown + knitr (Hangout 轉播) by Wush Wu
https://www.youtube.com/watch?v=OHKZLeKlUsM

• 了解自己的需求，詢問關鍵字與函數
• Taiwan R User Group，mailing list: Taiwan-useR-Group-list@meetup.com
• ptt R_Language版
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• StackOverflow
• 歡迎來信 ling32342@gmail.com 、 lillian60222@gmail.com 與我們一起交流！